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附录四 实验室常用技术参数资料

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一、核酸及蛋白质常用数据

1.

化合物 分子量 λmax(pH7.0) 1摩尔溶液(pH7.0)中λmax时的最大吸收值 OD280/OD260 ATP 507 259 15400 0.15 CTP 483 271 9000 0.97 GTP 523 253 13700 0.66 UTP 484 262 10000 0.38 dATP 494 259 15200 0.15 dCTP 467 271 9300 0.98 dGTP 507 253 13700 0.66 dTTP 482 267 9600 0.71

2.常用核酸的长度与分子

核酸 核苷酸数 分子量 λDNA 48502(双链环状) 3.0×107 pBR322 4363(双链) 2.8×106 28SrRNA 4800 1.6×106 23SrRNA 3700 1.2×106 18SrRNA 1900 6.1×105 19SrRNA 1700 5.5×105 5SrRNA 120 3.6×104 tRNA(大肠杆菌) 75 2.5×104

3.常用核酸蛋白换算数据

(1)重量换算

1μg=10-6g  1pg=10-12g

1ng=10-9g  1fg=10-15g

(2)分光光度换算:

1A260双链DNA=50μg/ml

1A260单链DNA=30μg/ml

1A260单链RNA=40μg/ml

(3)DNA摩尔换算:

1μg 100bp DNA=1.52pmol=3.03pmol末端

1μg pBR322 DNA=0.36pmol

1pmol 1000bp DNA=0.66μg

1pmol pBR322=2.8μg

1kb双链DNA(钠盐)=6.6×105道尔顿

1kb单链DNA(钠盐)=3.3×105道尔顿

1kb单链RNA(钠盐)=3.4×105道尔顿

(4)蛋白摩尔换算:

100pmol分子量100,000蛋白质=10μg

100pmol分子量50,000蛋白质=5μg

100pmol分子量10,000蛋白质=1μg

氨基酸的平均分子量=126.7道尔顿

(5)蛋白质/DNA换算:

1kb DNA=333 个氨基酸编码容量=3.7×104MW蛋白质

10,000MW蛋白质=270bp DNA

30,000MW蛋白质=810bp DNA

50,000MW蛋白质=1.35kb

100,000MW蛋白质=2.7kb DNA

4.常用蛋白质分子量标准参照

(1)高分子量标准参照 (2)中分子量标准参照 (3)低分子量标准参照 肌球蛋白 分子量 磷酸化酶B 97,400 碳酸酐酶 31,00 肌球蛋白 212,000 牛血清白蛋白 66,200 大豆脻蛋白酶 21,500 β-半乳糖甘酶B 116,000 谷氨酶脱氢酶 55,000 抑制剂   磷酸化酶B 97,400 卵白蛋白 42,700 马心肌球蛋白 16,900 牛血清白蛋白 66,200 醛缩酶 40,000 溶菌酶 14,400 过氧化氢酶` 57,000 碳酸酐酶 31,000 肌球蛋白(F1) 8,100 醛缩酶 40,000 大豆脻蛋白酶 21,500 肌球蛋白(F2) 6,200     抑制剂   肌球蛋白(F3) 2,500     溶菌酶 14,400    

5.常用DNA分子量标准参照

λDNA/HindⅢ λDNA/EcoRⅠ λ/HindⅢ+EcoRⅠ pBR322/HaeⅢ 23130 21226 21227 587 123 9416 7421 5148 405 104 6557 5804 4973 504 89 4361 5643 4268 458 80 2322 4843 3530 434 64 2027 3530 2027 267 57 564   1904 234 51 125   1584 213 21     1375 192 18     974 184 11     831 124 7     564         125    

续上表

pBR322/HinfⅠ φχ174/HinfⅠ φχ174/Hae Ⅲ φχ174/TapⅠ 1631 726 140 1353 2914 517 713 118 1078 1175 506 553 100 872 404 396 500 82 603 327 344 417 66 310 231 298 413 48 281 141 221 311 42 271 87 220 249 40 234 54 154 200 24 194 33 75 151   118 20       72  

 

二、常用缓冲液

1.分子克隆常用缓冲液

2.磷酸缓冲液

(1)25℃下0.1mol/L磷酸钾缓冲液的配制

pH 1mol/L K2HPO4(ml) 1mol/L KH2PO4(ml) 5.8 8.5 91.5 6.0 13.2 86.8 6.2 19.2 80.8 6.4 27.8 72.2 6.6 38.1 61.9 6.8 49.7 50.3 7.0 61.5 38.5 7.2 71.7 28.3 7.4 80.2 19.8 7.6 86.6 13.4 7.8 90.8 9.2 8.0 94.0 6.2

(2)25℃下0.1mol/L磷酸钠缓冲液的配制

pH 1mol/L Na2HPO4(ml) 1mol/L NaH2PO4(ml) 5.8 7.9 92.1 6.0 12.0 88.0 6.2 17.8 82.2 6.4 25.5 74.5 6.6 35.2 64.8 6.8 46.3 53.7 7.0 57.7 42.3 7.2 68.4 31.6 7.4 77.4 22.6 7.6 84.5 15.5 7.8 89.6 10.4 8.0 93.2 6.8

※:用蒸馏水将混合的两种1mol/L贮存液稀释至1000ml,根据Henderson-Hasselbalch方程计算其pH值:

pH=pK’+1g([质子受体]/[质子供体])

在此,pK’=6.86(25℃)。

3.电泳缓冲液

测序凝胶加样缓冲液

98%去离子甲酰胺

10mol/L EDTA(pH8.0)

0.025%二甲苯青FF

0.025%溴酚蓝

甲酰胺:许多批号的试剂级甲酰胺,其纯度符合使用要求,无须再进行处理。不过,一旦略呈黄色,则应用在磁力搅拌器上将甲酰胺与Dowex XG8混合床树脂共同搅拌1小时进行去离子处理,并用Whatman 1号滤纸过滤2次,去离子甲酰胺分装成小份,充氮存于-70℃。

常用的电泳缓冲液

缓冲液 使用液 浓贮存液(每升) Tris-乙酸(TAE) 1×:0.04mol/L Tris-乙酸 50×:242gTris碱   0.001mol/L EDTA 57.1ml冰乙酸     100ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0) Tris-磷酸(TPE) 1×:0.09mol/L Tris-磷酸 10×:10gTris碱   0.002mol/L EDTA 15.5ml85%磷酸(1.679g/ml)     40ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0) Tris-硼酸(TBE)a 0.5×0.045mol/L Tris-硼酸 5×:54gTris碱   0.001mol/L EDTA 27.5硼酸     20ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0) 碱性缓冲液b 1×:50mmol/L NaOH 1×:5ml 10mol/L NaOH   1mmol/L EDTA 2ml 0.5mmol/L EDTA(pH8.0) Tris-甘氨酸c 1×:25mmol/L Tris 5×:15.1gTris   250mmol/L 甘氨酸 94g苷氨酸(电泳级)(pH8.3)   0.1% SDS 50ml 10% SDS(电泳级)

说明:

①TBE溶液长时间存放后会形成沉淀物,为避免这一问题,可在室温下用玻璃瓶保存5×溶液,出现沉淀后则予以废弃。

以片都以1×TBE作为使用液(即1:5稀释浓贮液)进行琼脂糖凝胶电泳。但0.5×的使用液已具备足够的缓冲容量。目前几乎所有的琼脂糖胶电泳都以1:10稀释的贮存液作为使用液。

进行聚丙烯酰胺凝胶垂直槽的缓冲液槽较小, 故通过缓冲液的电流量通常较大,需要使用1×TBE以提供足够的缓冲容量。

②碱性电泳缓冲液应现用现配。

③Tris-甘氨酸缓冲液用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳。

2×SDS凝胶加样缓冲液:

100mmol/L Tris·HCl(6.8)

200mmol/L二硫苏糖醇(DTT)

4%SDS(电泳级)

0.2%溴酚蓝

20%甘油

不含DTT的2×SDS凝胶加样缓冲液可保存于室温,应在临用前取1mol/L贮存液现加于上述缓冲液中。

4.凝胶加样缓冲液

缓冲液类型 6×缓冲液 贮存温度 Ⅰ 0.25%溴酚蓝 4℃ 0.25%二甲苯青FF 40%(W/V)蔗糖水溶液 Ⅱ 0.25溴酚蓝 室温 0.25%二甲苯青FF 15%聚蔗糖(Ficoll400) Ⅲ 0.25%溴酚蓝 4℃ 0.25%二甲苯青FF 30%甘油水溶液 Ⅳ 0.25%溴酚蓝 4℃ 40%(W/V)蔗糖水溶液 碱性加样缓冲液: 300mmol/L NaOH 6mmol/L EDTA Ⅴ 18%聚蔗糖(Ficoll400) 4℃ 0.15%溴甲酚绿 0.25%二甲苯青FF

使用以上凝胶加样缓冲液的目的有三:增大样品密度;以确保DNA均匀进入样品孔内;使样品呈现颜色,从而使加样操作更为便利,含有在电块中能以可预知速率向阳极泳动的染料。溴酚蓝在琼脂糖中移动的速率约为二甲苯青FF的2.2倍,而与琼脂糖浓度无关。以0.5×TBF作电泳液时,溴酚蓝在琼脂糖中的泳动速率约与长300bp的双链线状DNA相同,而二甲苯青FF的泳动则与长4kb的双链线状DNA相同。在琼脂糖浓度为0.5%~1.4%的范围内,这些对应关系受凝胶浓度变化的影响并不显著。

选用哪一种加样染料纯属个人喜恶。但是,对于碱性凝胶应当使用溴甲酚绿作为示踪染料,因为在碱性pH条件下其显色较溴酚更蓝为鲜明。

5.各种pH值的Tris缓冲液的配制

各种pH值的Tris缓冲液的配制 所需pH值(25℃) 0.1mol/L HCl的体积 7.1 45.7 7.2 44.7 7.3 43.4 7.4 42.0 7.5 40.3 7.6 38.5 7.7 36.6 7.8 34.5 7.9 32.0 8.0 29.2 8.1 26.2 8.2 22.9 8.3 19.9 8.4 17.2 8.5 14.7 8.6 12.4 8.7 10.3 8.8 8.5 8.9 7.0

某一特定pH值的0.05mol/LTris缓冲液的配制:将50ml 0.1mol/L Tris碱溶液与上表所示相应体积(单位:ml)的0.1ml/L HCl混合,加水将体积调至100ml

(2)温度对50mmol/LTris·HCl液pH值的影响

4℃ 25℃ 37℃ 8.1 7.5 7.2 8.2 7.6 7.3 8.3 7.7 7.4 8.4 7.8 7.5 8.5 7.9 7.6 8.6 8.0 7.7 8.7 8.1 7.8 8.8 8.2 7.9 8.9 8.3 8.0 9.0 8.4 8.1 9.1 8.5 8.2 9.2 8.6 8.3 9.3 8.7 8.4 9.4 8.8 8.5

(6)常用缓冲液的pKa值

缓冲液 分子量 pKa值 缓冲范围 Trisa 12.1 8.08 7.1~7.9 HEPESb 283.3 7.47 7.2~8.2 MPOSc 209.3 7.15 6.6~7.8 PIPESd 304.3 6.76 6.2~7.3 MESe 195.2 6.09 5.4~6.8

a:三羟甲基氨基甲烷;b:N-2-羟乙基哌嗪-N’-2-乙磷酸;c:3-(N-吗啉代)丙磺酸;d:N,N’-双(2-乙磺酸)哌嗪;e:2-(N-吗啉代)乙磺酸。

7.温度对常用缓冲液pH的影响

缓冲体系 pKa(20℃) △pKa/10℃ Mes 6.15 -0.110 Ada 6.60 -0.110 PiPes 6.80 -0.085 Aces 6.90 -0.200 Bes 7.15 -0.160 Mops 7.20 -0.013 Tes 7.50 -0.200 Hepes 7.55 -0.014 Tricine 8.15 -0.210 Tris 8.30 -0.310 Bicine 8.35 -0.180 Glycylglycine 8.40 -0.280

 

三、常用酶的配制

1.溶菌酶

用水配制成50mg/ml的溶菌酶溶液,分装成小份并保存于-20℃。每一小份一经使用后便予丢弃。

2.蛋白水解酶

  贮存液 贮存温度 反应浓度 反应缓冲液 温度 预处理 0.01mol/L Tris(pH7.8) 链霉蛋白酶a 20mg/ml -20℃(溶于水) 1mg/ml 0.01mol/L EDTA 37℃ 自消化b 0.5% SDS 0.01mol/L Tris(pH7.8) 蛋白酶Kc 20mg/ml -20℃(溶于水) 50μg/ml 0.005mol/L EDTA 37~56℃ 无须预处理 0.5% SDS

a:链霉蛋白酶是从链球菌(Streptomycesgriseus)中分离到的一种丝氨酸酶和酸性蛋白酶的混合物。

b:自消化可消除DNA酶和RNA酶的污染,经自消化的链酶蛋白酶的配制方法如下:把该酶的粉末溶解于10mmol./lTris·HCl(pH7.5)、10mmol/l NaCl中,配成20mg/ml浓度,于37℃温育1h。经消化的链霉蛋白酶分装成小份放在密封试管中,保存-20℃。

c:蛋白酶K是一种枯草蛋白酶类的高活性蛋白酶,从林伯氏白色念球菌(Tritirachium album Limber)中纯化得到。该酶有两个Ca2+结合位点,它们离酶的活性中心有一定距离,与催化机理并无直接关系。然而,如果从该酶中除去Ca2+,由于出现远程的结构变化,催化活性将丧失80%左右,但其剩余活性通常已足以降解在一般情况下污染酸制品的蛋白质。所以,蛋白酶K消化过程中通常加入EDTA(以抑制依赖于Mg2+的核酸酶的作用)。但是,如果要消化对蛋白酶K具有较强耐性的蛋白,如角蛋白一类,则可能需要使用含有1mmol/l Ca2+而不含EDTA的缓冲液。在消化完毕后、纯化核酸前要加入EGT(pH8.0)至终浓度为2mmol/L,以鳌合Ca2+

3.无DNA酶的RNA酶

将胰RNA酶(RNA酶A)溶于10mmol/l Tris·HCl(pH7.5)、15mmol/l NaCl中,配成10mg/ml的浓度,于100℃加热15min,缓慢冷却至室温,分装成小份保存于-20℃。

 

四、常用抗生素溶液

抗生素 贮存液a 工作浓度 浓度 保存条件 严紧型质粒 松弛型质粒 氨苄青霉素 50mg/ml(溶于水) -20℃ 20μg/ml 60μg/ml 羧苄青霉素 50mg/ml(溶于水) -20℃ 20μg/ml 60μg/ml 氯霉素 34mg/ml(溶于乙醇) -20℃ 25μg/ml 170μg/ml 卡那霉素 10mg/ml(溶于水) -20℃ 10μg/ml 50μg/ml 链霉素 10mg/ml(溶于水) -20℃ 10μg/ml 50μg/ml 四环素b 5mg/ml(溶于乙醇) -20℃ 10μg/ml 50μg/ml

a:以水为溶剂的抗生素贮存液通过0.22μm滤器过滤除菌。以乙醇为溶剂的抗生素溶液无须除菌处理。所有抗生素溶液均应放于不透光的容器保存。

b:镁离子是四环素的拮抗剂,四环素抗性菌的筛选应使用不含镁盐的培养基(如LB培养基)。

 

五、常用贮存液的配制

1.30%丙烯酰胺溶液

【配制方法】

将29g丙烯酰胺和1g N,N’-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为60ml的水中。加热至37℃溶解之,补加水至终体积为100ml。用Nalgene滤器(0.45μm孔径)过滤除菌,查证该溶液的pH值应不大于7.0,置棕色瓶中保存于室温。

【注意】

丙烯酰胺具有很强的神经毒性并可以通过皮肤吸收,其作用具累积性。称量丙烯酰胺和亚甲双丙烯酰胺时应戴手套和面具。可认为聚丙烯酰胺无毒,但也应谨慎操作,因为它还可能会含有少量未聚合材料。

一些价格较低的丙烯酰胺和双丙烯酰胺通常含有一些金属离子,在丙烯酰胺贮存液中加入大约0.2体积的单床混合树脂(MB-1Mallinckrodt),搅拌过夜,然后用Whatman 1号滤纸过滤以纯化之。

在贮存期间,丙烯酰胺和双丙烯酰胺会缓慢转化成丙烯酰和双丙烯酸。

2.40%丙烯酰胺

【配制方法】

把380g丙烯酰胺(DNA测序级)和20g N,N’-亚甲双丙烯酰胺溶于总体积为600ml的蒸馏水中。继续按上述配制30%丙烯酰胺溶液的方法处理,但加热溶解后应以蒸馏水补足至终体积为1L。

【注意】

见上述配制30%丙烯酰胺的说明,40%丙烯酰胺溶液用于DNA序列测定。

3.放线菌素D溶液

【配制方法】

把20mg放线菌素D溶解于4ml 100%乙醇中,1:10稀释贮存液,用100%乙醇作空白对照读取OD440值。放线菌素D(分子量为1255)纯品在水溶液中的摩尔消化系数为21,900,故而1mg/ml的放线菌素D溶液在440nm处的吸光值为0.182,放线菌素D的贮存液应放在包有箔片的试管中,保存于-20℃。

【注意】

放线菌素D是致畸剂和致癌剂,配制该溶液时必须戴手套并在通风橱内操作,而不能在开放在实验桌面上进行,谨防吸入药粉或让其接触到眼睛或皮肤。

药厂提供的作治疗用途的放线菌素D制品常含有糖或盐等添加剂。只要通过测量贮存液在440nm波长处的光吸收确定放线菌素D的浓度,这类制品便可用于抑制自身引导作用。

4.0.1mol/L腺苷三磷酸(ATP)溶液

【配制方法】

在0.8ml水中溶解60mgATP,用0.1mol/L NaOH调至pH值至7.0,用蒸馏水定容1ml,分装成小份保存于-70℃

5.10mol/L乙酸酰溶液

【配制方法】

把770g乙酸酰溶解于800ml水中,加水定容至1L后过滤除菌。

6.10%过硫酸铵溶液

【配制方法】

把1g过硫酸铵溶解于终量为10ml的水溶液中,该溶液可在4℃保存数周。

7.BCIP溶液

【配制方法】

把0.5g的5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸二钠盐(BCIP)溶解于10ml 100%的二甲基甲酰胺中,保存于4℃

8.2×BES缓冲盐溶液

【配制方法】

用总体积90ml的蒸馏水溶解1.07g盐溶液BES[N,N-双(2-羟乙基)-2-氨基乙磺酸]、1.6g NaCl和0.027g Na2HPO4,室温下用HCl调节 该溶液的pH值至6.96、然后加入蒸馏水定容至100ml,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成小份,保存于-20℃。

9.1mol/L CaCl2溶液

【配制方法】

在200ml蒸馏水中溶解54gCaCl2·6H2O,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成10ml小份贮存于-20℃。

【注意】

制备感受态细胞时,取出一小份解冻并用蒸馏水稀释至100ml,用Nalgene滤器(0.45μm孔径)过滤除菌,然后骤冷至0℃。

10.2.5mol/L CaCl2溶液

【配制方法】

在20ml蒸馏水中溶解13.5gCaCl2·6H2O,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20℃。

11.1mol/L二硫苏糖醇(DTT)溶液

【配制方法】

用20ml 0.01mol/L乙酸钠溶液(pH5.2)溶解3.09g DTT,过滤除菌后分装成1ml小份贮存于-20℃。

【注意】

DTT或含有DTT的溶液不能进行高压处理。

12.脱氧核苷三磷酸(dNTP)溶液

【配制方法】

把每一种dNTP溶解于水至浓度各为100mmol/L左右,用微量移液器吸取0.05mol/l Tris碱分别调节 每一dNTP溶液的pH值7.0(用pH试纸检测),把中和后的每种dNTP溶液各取一份作适当稀释,在下表中给出的波长下读取光密度计算出每种dNTP的实际浓度,然后用水稀释成终浓度为50mmol/L的dNTP,分装成小份贮存于-70℃。

碱基 波长(nm) 消化系数(ε)[L/(mol·cm)] A 259 1.54×104 G 253 1.37×104 C 271 9.10×103 T 260 7.40×103

比色杯光径为1cm时,吸光度=εM

13.0.5mol/l EDTA(pH8.0)溶液

【配制方法】

在800ml水中加入186.1g二水乙二胺四乙酸二钠(EDTA-Na·2H2O),在磁力搅拌器上剧烈搅拌,用NaOH调节 溶液的pH值至8.0(约需20g NaOH颗粒)然后定容至1L,分装后高压灭菌备用。

【注意】

EDTA二钠盐需加入NaOH将溶液的pH值调至接近8.0,才能完全溶解。

14.溴化乙锭(10mg/ml溶液)

【配制方法】

在100ml水中加入1g溴化乙锭,磁力搅拌数小时以确保其完全溶解,然后用铝箔包裹容器或转移至棕色瓶中,保存于室温。

【注意】

小心:溴化乙锭是强诱变剂并有中度毒性,使用含有这种染料的溶液时务必戴上手套,称量染料时要戴面罩。

15.2×HEPES缓冲盐溶液

【配制方法】

用总量为90ml的蒸馏水溶解1.6g NaCl、0.074g KCl、0.027g Na2PO4·2H2O、0.2g葡聚糖和1gHEPES,用0.5mol/lNaOH调节 pH值至7.05,再用蒸馏水定容至100ml。用0.22μm滤器过滤除菌,分装成5ml小份,贮存于-20℃。

16.IPTG溶液

【配制方法】

IPTG为异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(分子量为238.3),在8ml蒸馏水中溶解2g IPTG后,用蒸馏水定容至10ml,用0.22μm滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20℃。

17.1mol/L乙酸镁溶液

【配制方法】

在800ml水中溶解214.46g四水乙酸镁,用水定容至1L过滤除菌。

18.1mol/L MgCl2溶液

【配制方法】

在800ml水中溶解203.4gMgCl2·6H2O,用水定容至1L,分装成小份并高压灭菌备用。

【注意】

MgCl2极易潮解,应选购小瓶(如100g)试剂,启用新瓶后勿长期存放。

19.β-巯基乙醇(BME)溶液

【配制方法】

一般得到的是14.4mol/L溶液,应装在棕色瓶中保存于4℃。

【注意】

BME或含有BME的溶液不能高压处理。

20.NBT溶液

【配制方法】

把0.5g氯化氮蓝四唑溶解于10ml 70%的二甲基甲酰胺中,保存于4℃。

21.酚/氯仿溶液

【配制方法】

把酚和氯仿等体积混合后用0.1mol/L Tris·HCl(pH7.6)抽提几次以平衡这一混合物,置棕色玻璃瓶中,上面覆盖等体积的0.01mol/l Tris·HCl(pH7.6)液层,保存于4℃。

【注意】

酚腐蚀性很强,并可引起严重灼伤,操作时应戴手套及防护镜,穿防护服。所有操作均应在化学通风橱中进行。与酚接触过的部位皮肤应用大量的水清洗,并用肥皂和水洗涤,忌用乙醇。

22.10mmol/L苯甲基磺酰氟(PMSF)溶液

【配制方法】

用异丙醇溶解PMSF成1.74mg/ml(10mmol/L),分装成小份贮存于-20℃。如有必要可配成浓度高达17.4mg/ml的贮存液(100mmol/L)。

【注意】

PMSF严重损害呼吸道粘膜、眼睛及皮肤,吸入、吞进或通过皮肤吸收后有致命危险。一旦眼睛或皮肤接触了PMSF,应立即用大量水冲洗之。凡被PMSF污染的衣物应予丢弃。

PMSF在水溶液中不稳定。应在使用前从贮存液中现用现加于裂解缓冲液中。PMSF在水溶液中的活性丧失速率随pH值的升高而加快,且25℃的失活速率高于4℃。pH值为8.0时,20μmmol/l PMSF水溶液的半寿期大约为85min,这表明将PMSF溶液调节 为碱性(pH>8.6)并在室温放置数小时后,可安全地予以丢弃。

23.磷酸盐缓冲溶液(PBS)溶液

【配制方法】

在800ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2g KCl、1.44g Na2HPO4和0.24g KH2PO4,用HCl调节 溶液的pH值至7.4加水定容至1L,在15lbf/in2(1034×105Pa)高压下蒸气灭菌20min。保存于室温。

24.1mol/L乙酸钾(pH7.5)溶液

【配制方法】

将9.82g乙酸钾溶解于90ml纯水中,用2mol/L乙酸调节 pH值至7.5后加入纯水定容到1L,保存于-20℃。

25.乙酸钾溶液(用于碱裂解)

【配制方法】

在60ml 5mol/L乙酸钾溶液中加入11.5ml冰乙酸和28.5ml水,即成钾浓度为3mol/L而乙酸根浓度为5mol/L的溶液。

26.3mol/L乙酸钠(pH5.2和pH7.0)溶液

【配制方法】

在80ml水中溶解408.1g三水乙酸钠,用冰乙酸调节 pH值至5.2或用稀乙酸调节 pH值至7.0,加水定容到1L,分装后高压灭菌。

27.5mol/L NaCl溶液

【配制方法】

在800ml水中溶解292.2gNaCl加水定容至1L,分装后高压灭菌。

28.10%十二烷基硫酸钠(SDS)溶液

【配制方法】

在900ml水中溶解100g电泳级SDS,加热至68℃助溶,加入几滴浓盐酸调节 溶液的pH值至7.2,加水定容至1L,分装备用。

【注意】

SDS的微细晶粒易扩散,因此称量时要戴面罩,称量完毕后要清除残留在称量工作区和天平上的SDS,10%SDS溶液无须灭菌。

29.20×SSC溶液

【配制方法】

在800ml水中溶解175.3gNaCl和88.2g柠檬酸钠,加入数滴10mol/l NaOH溶液调节 pH值至7.0,加水定容至1L,分装后高压灭菌。

30.20×SSPE溶液

【配制方法】

在800ml水中溶解17.5gNaCl、27.6g NaH2PO4·H2O和7.4g EDTA,用NaOH溶液调节 pH值至7.4(约需6.5ml 10ml/L NaOH),加水定容至1L,分装后高压灭菌。

31.100%三氯乙酸溶液

【配制方法】

在装有500g TCA的瓶中加入227ml水,形成的溶液含有100%(M/V)TCA。

32.1mol/L Tris溶液

【配制方法】

在800ml水中溶解121.91gTris碱,加入浓HCl调节 pH值至所需值。

pH HCl

7.4 70ml

7.6 60ml

8.0 42ml

应使溶液冷至室温后方可最后调定pH值,加水定容至1L,分装后高压灭菌。

【注意】

如1mol/L溶液呈现黄色,应予丢弃并置备质量更好的Tris。

尽管多种类型的电极均不能准确测量Tris溶液的pH值,但仍可向大多数厂商购得合适的电极。

Tris溶液的pH值因温度而异,温度每升高1℃,pH值大约降低0.03个单位。例如:0.05mol/L的溶液在5℃、25℃、和37℃时的pH值分别为9.5、8.9和8.6。

33.Tris缓冲盐溶液(TBS)(25mmol/l Tris)

【配制方法】

在800ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2g KCl和3g Tris碱,加入0.015g酚并用HCl调至pH值至7.4,用蒸馏水定容至1L,分装后在151bf/in2(1.034×105Pa)高压下蒸汽灭菌20min,于室温保存。

34.X-gal溶液

【配制方法】

X-gal为5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D半乳糖苷。用二基甲酰胺溶解X-gal配制成的20mg/ml的贮存液。保存于一玻璃管或聚丙烯管中,装有X-gal溶液的试管须用铝箔封裹以防因受光照而被破坏,并应贮存于-20℃。X-gal溶液无须过滤除菌。

杂交试验中用于降低背景的封闭剂

试剂 用途 Denhardt试剂 Northern杂交 使用RNA探针的杂交 单拷贝序列的Southern杂交 将DNA固定于尼龙膜上的杂交 Denhardt试剂通常配制50×贮存液,过滤后保存于-20℃。可将该贮存液10倍稀释于预杂交液(常为含有0.5%SDS和100μg/ml经变性被打断的鲑精DNA的6×SSC或6×SSPE)中。50×Denhardt液中含5g聚蔗糖(Ficoll,400型,Pharmacia)、5g聚乙烯吡咯烷酮和5g牛血清白蛋白(组分V”Sigmal),加水至终体积为500ml。 BLOTTO Grunstein-Hogness杂交 Benton-Davis杂交 除单拷贝序列Southern杂交以外的所有Southern杂交 斑点印迹 1×BLOTT(牛乳转移技术优化液,Bovine Lacto Transfer Technique Optimizer),是含5%胶脂奶粉和0.02%叠氮钠的水溶液,应保存于4℃。使用前可用预杂交液稀释25倍。BLOTTO不应与高浓度的SDS并用,因为后者会导致牛奶中蛋白质析出。如果杂交背景不合要求,可在杂交液中加入NP-40至终浓度为1%。BLOTTO不能用作Northern杂交的封闭剂,因为这一封闭剂中可能含有RNA酶,其活性之高使人无法接受。 注意:叠氮钠有毒性,取用时需戴手套小心操作。含叠氮钠的溶液应予明确标记。 肝素 Southern杂交 原位杂交 肝素(Sigma H-7005,从猪中提取的二级产品或相当等级的产品)用4×SSPE或4×SSC溶解配制成50mg/ml的浓度,保存于4℃。肝素在含有葡聚糖硫酸酯的杂交液中用作封闭剂的浓度为500μg/ml,在不含葡聚糖硫酸酯的杂交液中的浓度为50μg/ml。 经变性并被打断的鲑精DNA southern和Northern杂交 把鲑鱼精子DNA(Sigma,Ⅲ,盐钠)溶解于水配制成10mg/ml的浓度,必要时于室温磁力搅拌2~4h助溶。把溶液中NaCl的浓度调至0.1mol/L,并用酚和酚/氯仿各抽提一次,回收水相。合DNA溶液快速通17号皮下注射针头12次,以剪切DNA。加入2倍体积用冰预冷的乙醇沉淀DNA。离心回收DNA并重溶于水,配制成10mg/ml的浓度,测定溶液的OD260值并计算出精确的DNA浓度,然后煮沸10min,分装成小份保存于-20℃。使用前置沸水浴中加热5min,然后迅速在冰浴中骤冷。预杂交液中应含有100μg/ml经变性并被打断的鲑鱼精子DNA

 

六、常用凝胶的技术参数

1.葡聚糖凝胶的某些技术数

种类 干颗粒直径(μ) 分子量分级范围 床体积毫升/克干分子筛 得水值 溶胀最少平衡时间(h) 柱头压力(kPa)(2.5cm直径柱) 肽及球形蛋白质 葡聚糖(线性分子) 室温 沸水浴 Sephadex G-10 40~ 120 ~700 ~700 2~ 3 1.0±0.1 3 1   Sephadex G-10 40~ 120 ~1500 1500 2.5~3.5 1.5±3.5 3 1   Sephadex G-25                 粗级 100~300
(≈5~100目)               中级 50~150
(≈100~200目) 1,000~
5,000 100~
5,000 4~6 1.5±0.2 6 2 细级 20~800(≈200~400目)               超细 10~40               Sephadex G-50                 粗级 100~200               中级 50~150 1,500~ 500~           细级 20~80 30,000 10,000 9~11 5.0±0.3 6 2 超细 10~40               Sephadex G-75                   40~120 3,000~ 1,000~           超细 10~40 70,000 950,000 12~15 7.5±0.5 24 3 3.92~15.86 Sephadex G-100                   40~120 4,000~ 1,000~           超细 10~40 1,500,000 150,000 15~20 10.0±1.0 48 5 2.35~9.41 Sephadex G-150                   40~120 5,000~ 1,000~ 20~30         超细 10~40 400,000 150,000 18~22 15.0±1.5 72 5 0.88~3.53 Sephadex G-200                   40~120 5000~ 1000~ 30~40           10~40 800,000 200,000 20~25 20.0±2.0 72 5 0.39~1.57

2.聚丙烯酰胺凝胶的技术数

型号 排阻的下限

(分子量)

分级分离范围

(分子量)

膨胀后的床体积(ml/g干凝胶) 膨胀所需最少时间(室温,h) Bio-gel-P-2 1,600 200~2,000 3.8 2~4 Bio-gel-P-4 3,600 500~4,000 5.8 2~4 Bio-gel-P-6 4,600 1,000~5,000 8.8 2~4 Bio-gel-P-10 10,000 5,000~17,000 12.4 2~4 Bio-gel-P-30 30,000 20,000~50,000 14.9 10~12 Bio-gel-P-60 60,000 30,000~70,000 19.0 10~12 Bio-gel-P-100 100,000 40,000~100,000 19.0 24 Bio-gel-P-150 150,000 50,000~150,000 24.0 24 Bio-gel-P-200 200,000 80,000~200,000 34.0 48 Bio-gel-P-300 300,000 100~400,000 40.0 48

3.琼脂糖凝胶的技术数

型号 琼脂糖含量
%(W/W) 排阻的下限
(分子量) 分级分离的范围(分子量) 生产厂家 Sepharose 4B 4   0.3×106~3×106 Pharmacia Sepharose 2B 2   2×106~25×106 Sagavac 10 10 2.5×105 1×104~2.5×105 Seravac Sagavac 8 8 7×105 2.5×104~7×105 Sagavac 6 6 2×106 5×104~2×106 Sagavac 4 4 15×106 2×105~15×106 Sagavac 2 2 150×106 5×105~15×107 Bio-gel A-0.5M 10 0.5×106 <1×104~0.5×106 Bio-Rad Bio-gel A-1.5M 8 1.5×106 <1×104~1.5×106 Bio-gel A-5M 6 5×106 1×104~5×106 Bio-gel A-15M 4 15×106 4×104~15×106 Bio-gel A-50M 2 50×106 1×105~50×106 Bio-gel A-150M 1 150×106 1×106~150×106

4.各处凝胶所允许的最大操作

凝胶 最大静水压(kPa) Sephadex   G-10 9.8 G-15 9.8 G-25 9.8 G-50 9.8 G-75 4.9

5.琼脂糖凝胶浓度与线性DNA分辨范

凝胶浓度(%) 线性DNA长度(bp) 0.5 1000~30000 0.7 800~12000 1.0 500~10000 1.2 400~7000 1.5 200~3000 2.0 50~2000

6.染料在变性聚丙烯酰胺凝胶中的迁移速

凝胶浓度(%) 溴酚蓝 二甲苯青FF 5.0 35bp 140bp 6.0 26bp 106bp 8.0 19bp 75bp 10.0 12bp 55bp 20.0 8bp 28bp

7.染料在非变性聚丙烯酰胺凝胶中的迁移速

凝胶浓度(%) 溴酚蓝 二甲苯青FF 3.5 100bp 460bp 5.0 65bp 260bp 8.0 45bp 160bp 12.0 20bp 70bp 15.0 15bp 50bp 20.0 12bp 45bp

 

七、氨基酸的特性

氨基酸名称三字母缩写单字母缩写质量侧链电离的pHa值结构式丙氨酸(alanine)AlaA89.09 精氨酸(arginine)ArgR174.212.48天冬酰氨(asparagine)AsnN132.1 天冬氨酸(aspartic acid)AspD133.13.86半胱氨酸(systeine)CysC121.12 谷氨酰胺(glutamine)GlnQ146.15 谷氨酸(glutamic acid)GluE147.134.25甘氨酸(glycine)GlyG75.07 组氨酸(histidine)HisH155.166.0异亮氨酸(isoleucine)lleI131.17 亮氨酸(leucine)LeuL131.17 赖氨酸(lycine)LysK146.19 甲硫氨酸(methionine)MetM149.21 苯丙氨酸(phenylanaline)PheP165.19 脯氨酸(proline)ProP115.13 丝氨酸(serine)SerS105.06 苏氨酸(threonine)ThrT119.12 色氨酸(tryptophan)TrpW204.22  酪氨酸(tyrosine)TyrY181.1910.07缬氨酸(valine)ValP117.15 

 

八、遗传密码

密码子的第二位

密码子的第一位(5’端)   U C A G   密码子的第三位(3端’) U UUU Phe UCU Ser UAU Tyr UGU Gys U UUC Phe UCC Ser UAC Tyr UGG Gys C UUA Leu UCA Ser UAA 终止(赭石) UGA 终止(乳白) A UUG Leu UGG Ser UAG 终止(琥珀) UGG Trp G C CUU Leu CCU Pro CAU His CGA Arg U CUC Leu CCC Pro CAC His CGC Arg C CUA Leu CCA Pro CAA Gln CGA Arg A CUG Leu CCG Pro CAG Gln CGC Arg G A AUU Ile ACU Thr AAU Asn AGU Ser U AUC Ile ACC Thr AAC Asn AGC Ser C AUA Ile ACA Thr AAA Lys AGA Arg A AUG Met ACG Thr AAG Lys AGC Arg G G GUU Val GCU Ala GAU Asp GGU Gly U GUC Val GCC Ala GAC Asp GGC Gly C GUA Val GCA Ala GAA Glu GGA Gly A GUG Val GCG Ala GAG Glu GGG Gly G

 

九、常用酸碱技术参数

1.

溶质 分子式 分子量 mol/L g/L 重量(%) 比重 配制mol/L溶液的加入量(ml/L) 冰乙酸 CH3COOH 60.05 17.40 1045 99.5 1.050 57.5 乙酸   60.05 6.27 376 36 1.045 159.5 甲酸 HCOOH 46.02 23.40 1080 90 1.200 42.7 盐酸 HCl 36.50 11.60 424 36 1.180 86.2       2.90 105 10 1.050 344.8 硝酸 HNO3 63.02 15.99 1008 71 1.420 62.5       14.90 938 67 1.400 67.1       13.30 837 61 1.370 75.2 高氯酸 HclO3 100.50 11.65 1172 70 1.670 85.8       9.20 923 60 1.540 108.7 磷酸 H2PO4 80.00 18.10 1445 85 1.700 55.2 硫酸 H2PO4 98.10 18.00 1776 96 1.840 55.6 氢氧化铵 NH4OH 35.00 14.80 251 28 0.898 67.6 氢氧化钾 KOH 56.10 13.50 757 50 1.520 74.1       1.94 109 10 1.090 515.5 氢氧化钠 NaOH 40.00 19.10 763 50 1.530 52.4       2.75 111 10 1.110 363.4

2.各种浓度的酸碱贮存液的近似pH值

溶质 1Na 0.1Na 0.01Na 0.001Na 乙酸 0.40 2.90 3.40 3.90 盐酸 0.10 1.07 2.02 3.01 硫酸 0.30 1.20 2.10   柠檬酸   2.10 2.60   氢氧化铵 11.80 11.30 10.80 10.30 氢氧化钠 14.05 13.07 12.12 11.13 碳酸氢钠   8.40     碳酸钠   11.50 11.00  

J a.N为光量浓度[1N(1mol/L)×离子价数]。

 

十、放射性核素数据

1.放射性核素衰变

3H 35S 32P 125I 131I 时间(年) 剩余活性(%) 时间(年) 剩余活性(%) 时间(年) 剩余活性(%) 时间(年) 剩余活性(%) 时间(年) 剩余活性(%) 1 94.5 2 98.4 1 95.3 4 95.5 0.2 98.3 2 89.3 5 96.1 2 90.8 8 91.2 0.4 96.6 3 84.4 10 92.3 3 86.5 12 87.1 0.6 95.0 4 79.8 15 88.7 4 82.5 16 83.1 1.0 91.8 5 75.4 20 85.3 5 78.5 20 79.4 1.6 87.2 6 71.3 25 82.0 6 74.8 24 75.8 2.3 81.2 7 67.4 31 78.1 7 71.2 28 72.4 3.1 76.7 8 63.7 37 74.5 8 67.8 32 69.1 4.0 71.0 9 60.2 43 71.0 9 64.7 36 66.0 5.0 65.2 10 56.9 50 67.0 10 61.2 40 63.0 6.1 59.3 11 53.8 57 63.6 11 58.7 44 60.2 7.3 53.4 12 50.9 65 59.6 12 55.9 48 57.4 8.1 50.0 12.3 50.0 73 56.0 13 53.2 52 54.8         81 52.5 14 50.7 56 52.4         87.1 50.0 14.3 50.0 60 50.0    

2.放射性测定单

单位 定义 换算 吸收放射线剂量(拉得rad) 100尔格/克(电离辐射传给单位质量物质的能量) 0.87rad=1r 伦琴(r) 使1克空气产生1.6×1012离子对的X或γ-射线的照射剂量 r/0.87=1rad 居里(Ci) 每秒放射性衰变3.7×1010个原子的量 1Ci=103mCi=106μCi 毫居(mCi) 千分之一居里 1mCi=10-3Ci=103μCi 微居(μCi) 百万分之一居里(每分钟衰变2.2×106次) 1μCi=10-6Ci=10-3MCi 伯克莱尔(Bq) 每秒衰变1个原子的量 1Bq=3.7×10-10Ci 千伯克莱尔(kBq)   1kBq=103Bq 百万伯克莱尔(MBq)   1MBq=106Bq 兆伯克莱尔(GBq)   1GBq=109Bq 每分钟衰变数(dpm) 每分钟衰变的原子数 2.2×106dpm=1μCi 每分钟计数(cpm) 测量仪测出每分钟β粒子数 Cpm=dpm×计数器效率

 

十一、原子量

符号 原子序数 原子量 锕(actinium) Ac 89 227.02 铝(aluminium) Al 13 26.98 镅(americium) Am 95 (243) 锑(antimony) Sb 51 121.75 氩(argon) Ar 18 39.94 砷(arsenic) As 33 74.92 砹(astatine) At 85 (210) 钡(barium) Ba 56 137.33 锫(berkelium) Bk 97 (247) 铍(beryllium) Be 4 9.01 铋(bismuth) Bi 83 208.98 硼(boron) B 5 10.81 溴(bromine) Br 35 79.90 镉(cadmium) Cd 48 112.41 钙(calcium) Ca 20 40.08 锎(californium) Cf 98 (251) 碳(carbon) C 6 12.01 铈(cerium) Ce 58 140.12 铯(cesium) Cs 55 132.90 氯(chlorine) Cl 17 35.45 铬(chromium) Cr 24 51.99 钴(cobalt) Co 27 58.93 铜(copper) Cu 29 63.54 锔(curium) Cm 96 (247) 镝(dysprosium) Dy 66 162.50 锿(einsteinium) Es 99 (252) 铒(erbium) Er 68 167.26 铕(euroqium) Eu 63 151.96 镄(fermium) Fm 100 (257) 氟(fluorine) F 9 18.99 钫(francium) Fr 87 (223) 钆(gadolinium) Gd 64 157.52 镓(galium) Ga 31 69.72 锗(germanium) Ge 32 72.59 金(gold) Au 79 196.96 铪(hafnium) Hf 72 178.49 氦(helium) He 2 4.00 钬(holmium) Ho 67 164.93 氢(hydrogen) H 1 1.00 铟(indium) In 49 114.82 碘(iodine) I 53 126.90 铱(iridium) Ir 77 192.22 铁(iron) Fe 26 55.84 氪(krypton) Kr 36 83.80 镧(lanthanum) La 57 139.90 铹(Lawrencium) Lr 103 (260) 铅(lead) Pb 82 207.2 锂(lithium) Li 3 6.94 镥(lutetium) Lu 71 174.96 镁(Magnesium) Mg 12 24.30 锰(manganse) Mn 25 54.93 钔(mendelevium) Md 101 (258) 汞(molybdenum) Hg 80 200.59 钼(molybdenum) Mo 42 95.94 钕(neodymium) Nd 60 144.24 氖(neon) Ne 10 20.17 镎(neptunium) Np 93 237.04 镍(nickel) Ni 28 58.69 铌(niobium) Nb 41 92.00 氮(nitrogen) N 7 14.00 锘(nobelium) No 102 (259) 锇(osmium) Os 76 190.2 氧(oxygen) O 8 15.99 钯(palladium) Pd 46 106.42 磷(phosphorus) P 15 30.94 铂(platium) Pt 78 195.08 钚(piutonium) Pu 94 (244) 钋(polonium) Po 84 (209) 钾(potassium) K 19 39.09 镨(praseodymium) Pr 59 140.90 钜(promethium) Pm 61 (145) 镤(protactinium) Pa 91 231.03 镭(radium) Ra 88 226.02 氡(radon) Rn 86 (222) 铼(rhenium) Re 75 186.20 铑(rhodium) Rh 45 102.90 铷(rubidium) Rb 37 85.46 钌(ruthenium) Ru 44 101.07 钐(samarium) Sm 62 150.36 钪(scandium) Sc 21 44.95 硒(sillicon) Se 34 78.96 硅(sillicon) Si 14 28.08 银(sliver) Ag 47 107.86 钠(sodium) Na 11 22.98 锶(strontium) Sr 38 87.62 硫(sulfur) S 16 32.06 钽(tantalum) Ta 73 180.94 锝(technetium) Tc 43 (98) 碲(tellurium) Te 52 127.60 铽(terbium) Tb 65 158.92 铊(thallium) Tl 81 204.38 钍(thorium) Th 90 232.03 锡(tin) Sn 50 118.69 铥(thulium) Tm 69 168.93 钛(titanium) Ti 22 47.88 钨(tungsten) W 74 183.85 unhilhexium (Unh) 106 (263) unnilpentium (Unp) 105 (262) unnilquadium (Unq) 104 (261) unnilseptium (Uns) 107 (262) 铀(uranium) U 92 238.02 钒(vanadium) V 23 50.94 氙(xenon) Xe 54 131.29 镒(ytterbium) Yb 70 173.04 钇(yttrium) Y 39 88.90 锌(zinc) Zn 30 65.38 锆(zirconium) Zn 40 91.22

圆括号中的数字是该元素最稳定的同位素的质量数。

(吴康)

 

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